Margušu se 1997. sudilo za kaznena djela ubojstva, krađe i uništavanje tuđe imovine, no u tom postupku hrvatski sud nije odlučio o njegovoj krivnji, nego ga je pomilovao primjenjujući odredbe Zakona o općem oprostu. Drugi put mu je suđeno 2006. zbog kaznenog djela ratnog zločina protiv civila, zbog čega je pravomoćno osuđen na zatvorsku kaznu od 14 godina koju služi u kaznionici u Lepoglavi. U pogledu prava na pošteno suđenje, sud u Strasbourgu je naveo da Marguš ničime nije dokazao da je kazneni postupak koji se protiv njega vodio bio nepošten.
Nije dokazao ni da je sudac (M.K.) koji je sudjelovao kao član vijeća prvostupanjskog suda u postupku 2006., ali i u prvom postupku 1997. bio pristran. S obzirom na Marguševo udaljavanje iz sudnice prilikom iznošenja završnih riječi, sud je naveo kako je pravo raspravnog suda da uvede procesnu disciplinu u sudnicu te smatra opravdanim taj postupak budući da se optuženi nije ponašao u skladu s pravilima i zakonom. Činjenica da je Margušev branitelj ostao u sudnici omogućila je zaštitu prava obrane te je njegov branitelj neometano mogao iznijeti završnu riječ, ustvrdili su suci u Strasbourgu.
S obzirom na povredu prava da ne bude optužen i osuđen dva puta za isto djelo ("ne bis in idem"), sud je naveo da Državno odvjetništvo i hrvatski sudovi nisu povrijedili to Marguševo pravo podizanjem optužnice i ponovnim suđenjem 2006. Sud je ustvrdio kako se u navedena dva postupka 1997. i 2006. nije radilo o istim kaznenim djelima ni o istoj kriminalnoj količini. Sud smatra i da se postupak 2006. mora sagledati u svjetlu propisanih iznimaka, što opravdava ponovno pokretanje kaznenog postupka.
Sud je prihvatio argumente zastupnice RH da je davanje oprosta podnositelju za kazneno djelo ratnog zločina protiv civila 1997. bilo učinjeno pogrešnom primjenom Zakona o općem oprostu jer se taj zakon primijenio na kazneno djelo za koje se oprost uopće nije mogao dati. To je bila takva pogreška u pravnom sustavu koja je mogla biti ispravljena jedino novim kaznenim postupkom pa zato sud nije utvrdio da je Hrvatska povrijedila pravilo 'ne bis in idem', izvijestio je Ured zastupnika RH na sudu u Strasbourgu. Marguša je osječki Županijski sud 2007. zajedno s Tomislavom Dilberom (39), koji je dobio tri godine zatvora, osudio zbog ratnog zločina nad civilima.
Marguš je osuđen zato što je u studenome 1991. u Čepinu iz automatskog oružja usmrtio Svetozara i Vukašina Bulata te teško ranio tada maloljetnog Slavena Bulata. Proglašen je krivim i za ubojstva Nedeljke i Nikole Vico, Stevana i Dragice Gvozdenović te Ljubomira Grandića, koje je u studenome 1991. na području Čepina protuzakonito pritvorio, a nakon zlostavljanja i usmrtio hicima iz automatskog oružja.
Obojicu se teretilo da su potkraj studenoga 1991. na ulazu u Osijek zaustavili vozilo kojim je upravljao Savo Pavitović te ga uz prijetnju oružjem odveli na polje između osječkih prigradskih naselja Čepina i Ivanovca, gdje je u njega, po Marguševoj zapovijedi, pucao optuženik Dilber. Budući da ga nije usmrtio, Marguš ga je pozvao da ga dokrajči, ali ovaj, po vlastitom priznanju, to nije mogao učiniti. Dokaznim postupkom utvrđeno je da je to učinio Marguš pa su obojica za to kazneno djelo proglašeni krivima kao supočinitelji.
