Pozivajući se na neimenovane izvore iz Tužiteljstva BiH "Dnevni avaz" tvrdi kako kako se trenutačno radi na pripremanju optužnice te kako bi ona mogla biti gotova za dva mjeseca.Navodno postoje brojni dokazi o zajedničkom protuzakonitom djelovanju Budimira te njegova savjetnika Petra Barišića te Hidajeta Halilovića, bivšeg predsjednika entitetskog povjerenstva za pomilovanja i Sauda Kulosmana te Ivana Jurčevića, predsjednika bošnjačke odnosno hrvatske udruge razvojačenih branitelja.
Svi oni uhićeni su 26. travnja i od tada se nalaze u pritvoru, a protiv njih se provodi istraga zbog sumnje da su primali novac kako bi osuđenicima za različita kaznena djela ishodili pomilovanja. Prema dostupnim informacijama, spornim se smatra 157 pomilovanja koja je sukladno svojim ovlastima potpisao Budimir. Unatoč činjenici da je u zatvoru, o Budimiru i dalje ovisi funkcioniranje izvršne vlasti u Feeraciji BiH. Bez njegova potpisa tako nisu moguća imenovanja visokih dužnosnika niti stupanje na snagu zakona koje usvoji parlament.
Budimirov odvjetnik Ragib Hodžić zatražio je od Suda BiH dopuštenje da se predsjedniku FBiH u mostarski zatvor donose na potpis dokumenta. Tome se, međutim, odlučno usprotivilo Tužiteljstvo BiH pa je sud ovakav zahtjev odbio. Zbog toga, primjerice, na snagu još ne može stupiti ni zakon kojega je u travnju usvojio parlament i kojim se reguliraju mirovinska prava bivših pripadnika oružanih snaga i policije. Prema tvrdnjama Budimirovih savjetnika, on je taj zakon trebao potpisati upravo na dan kada je uhićen, a unatoč molbi da to ipak učini prije privođenja, policija mu to nije dopustila.
Potpredsjednik Federacije BiH Mirsad Kebo ocijenio je kako će ovakvo nedefinirano stanje potrajati sve dok protiv Budimira eventualno ne bude podignuta i potvrđena optužnica. "Ustav nije predvidio ovakve mogućnosti", kazao je Kebo za banjolučke "Nezavisne novine" dodavši kako nakon 26. svibnja, kada istječe jednomjesečni pritvor određen Budimiru, on može biti produžen, no može se i ukinuti. Ukoliko bi bila podignuta optužnica a Sud BiH je potvrdi, postojat će osnova da parlament od Ustavnog suda FBiH zatraži Budimirovu smjenu.
Kebo ne isključuje mogućnost da Budimir u takvim okolnostima i sam podnese ostavku ali i da intervenira visoki predstavnik međunarodne zajednice Valentin Inzko, iako drži kako je to malo vjerojatno."Ja poštujem pravno načelo da je svatko nevin dok pravomoćnom sudskom odlukom ne bude proglašen krivim", kazao je Kebo pozvavši federalna tijela vlasti da nastave raditi svoj posao i koliko-toliko osiguraju funkcioniranje sustava.
