U prvoj presudi u kojoj je ICTY donio zaključke o umiješanosti Hrvatske - u presudi "Kupreškić i ostali" za zločine u Lašvanskoj dolini vijeće je u siječnju 2000. prvi puta utvrdilo vezu Hrvatske i stvaranja etnički čistih hrvatskih područja u BiH i to tek jednom rečenicom. "Radilo se o dijelu opće kampanje u dolini rijeke Lašve, čija je namjera bila da se kroz sustavni i rasprostranjeni napad postigne 'etničko čišćenje', što je bio preduvjet za neograničenu dominaciju Hrvata na tom području, koju su poticali ili bar odobravali HVO i vojna policija, te, još uopćenije, vodstvo Hrvatske", zaključilo je to vijeće.
U predmetu protiv bivšeg upravitelja zatvora u Kaoniku Zlatka Aleksovskog prvostupnjasko vijeće ICTY-ija u svibnju 1999. zaključilo je da se radilo o oružanom sukobu HVO-a i Armije BiH, a ne o međunarodnom sukobu u koji je umiješana Hrvatska; u pravomoćnoj presudi 24. ožujka 2000. žalbeno je vijeće zaključilo kako je prvostupanjska presuda pogrešno utvrdila da se nije radilo o međunarodnom oružanom sukobu, odnosno o umiješanosti Hrvatske, ali je svejedno odlučilo u tom dijelu ne preinačiti presudu. U presudi bivšem zapovjedniku Operativne zone Središnja Bosna Tihomiru Blaškiću haški suci nešto prije toga 3. ožujka 2000. utvrdili su prvi puta kako je oružani sukob u Srednjoj Bosni imao međunarodni karakter na temelju aktivnog sudjelovanja HV-a u BiH, koji je zajedno s HVO-om bio angažiran u borbi protiv ABiH te na temelju opće kontrole koju je Hrvatska imala nad HVO-om i Herceg-Bosnom.
Tada je prvi puta vijeće utvrdilo kao činjenicu teritorijalne aspiracije Hrvatske, a u presudi Blaškiću prvi puta pojavljuje se i ideja bivšeg hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana o obnovi Banovine u granicama iz 1939., razgovori s bivšim jugoslavenskim predsjednikom Slobodanom Miloševićem o podjeli Bosne u Karađorđevu u ožujku 1991. te poznata "Ashdownova salveta". Svi ti elementi ponavljaju se i u presudama u predmetu "Kordić i Čerkez" u kojoj se aspiracije prvi puta stavljaju u kontekst stvaranja "velike Hrvatske" te u predmetu "Naletilić i Martinović". "Predsjednik Tuđman imao je aspiracije prema podjeli te susjedne zemlje", navodi vijeće u predmetu Blaškić u kojem je svjedočio britanski političar Paddy Ashdown koji je opisao kako je 1995. Tuđman na jednoj večeri na poleđini jelovnika ugrubo nacrtao kartu bivše Jugoslavije koja je prikazivala situaciju za deset godina.
Tuđman je objasnio Ashdownu da će jedan dio Bosne pripasti Hrvatskoj, a drugi Srbiji. Vijeće je tada utvrdilo i da stavovi koje je predsjednik Tuđman iznosio nisu bili samo njegovi osobni stavovi jer je Tuđman "do te mjere dominirao hrvatskom vladom da su njegovi osobni stavovi u stvari bili službeni". "Vijeće zaključuje da je predsjednik Tuđman gajio teritorijalne pretenzije prema Bosni i Hercegovini, koje su bile dio njegova sna o Velikoj Hrvatskoj koja bi uključivala zapadnu Hercegovinu i Srednju Bosnu", zaključilo je vijeće u predmetu "Kordić i Čerkez". "Vijeće podsjeća na riječi samog predsjednika Tuđmana na sastanku održanom 22. listopada 1993: Ja sam pred par mjeseci izložio situaciju, dao zadaću ministru obrane Šušku i generalu Bobetku, naša pomoć i naše angažiranje u Herceg-Bosni, jer se tamo rješava - rekao sam im da se tamo rješava pitanje budućih granica hrvatske države", citiralo je vijeće u predmetu "Naletilić i Maritonović" transkripte iz Ureda predsjednika.
Kao dokaz umiješanosti Hrvatske Haaški je sud u te tri zadnje presude koristio i činjenicu da je general Janko Bobetko imenovan zapovjednikom južnog bojišta i da su njegove dužnosti obuhvaćale zapovijedanje jedinicama HV-a i HVO-a u Hrvatskoj i u BiH te da su visoki vojni i civilni dužnosnici RH generali Milivoj Petković i Slobodan Praljak imenovani načelnicima Glavnog stožera HVO-a. "Te odluke o imenovanjima donijela je hrvatska vlada, a odnosile su se na vojsku koja je u načelu pripadala jednoj drugoj suverenoj državi", ocijenilo je Blaškićevo vijeće. U predmetu "Kordić i Čerkez" vijeće je zapisalo da se "uvjerilo da su aktivnosti generala Bobetka ilustracija nadzorne uloge koju je Hrvatska imala nad HVO-om tijekom sukoba između bosanskih muslimana i bosanskih Hrvata".
Osim toga, u presudama se kao dokaz utjecaja koristilo i to što je Tuđman naredio smjene u HDZ-u BiH poput tadašnjeg predsjednika Stjepana Kljujića te imenovanje Mate Bobana za predsjednika Herceg-Bosne. "Vođe bosanskih Hrvata slijedile su smjernice koje im je davao Zagreb ili su, u najmanju ruku, usuglašavale svoje odluke s hrvatskom vladom", zapisalo je Blaškićevo vijeće koje je utvrdilo da je HVO imao iste ciljeve kao i Hrvatska - pripajanje dijelova BiH Republici Hrvatskoj i da je Hrvatska HVO-u pružala financijsku i logističku podršku, a te su zaljučke potvrdili suci i u kasnijim presudama "Kordić i Čerkez" i "Naletilić i Martinović". Već je u predmetu Blaškić sud utvrdio da je prisustvo zapovjednika, vojnika ili jedinica HV-a u Bosni i Hercegovini iscrpno dokazano, bilo putem svjedoka koji su ih vidjeli bilo putem naredbi za uklanjanje oznaka HV-a radi prikrivanja njihova prisustva, kao i putem službenih dokumenata Vlade BiH ili UN-a.
Primjerice - 1993. vlada BiH tražila je od Hrvatske da "odmah i bezuvjetno obustavi napade" te "povuče jedinice države Hrvatske s teritorija BiH"; Vijeće sigurnosti rezolucijama je zahtijevalo da jedinice HV-a poštuju teritorijalni integritet BiH i da se povuku iz BiH, a glavni tajnik UN-a u izvještajima Vijeću sigurnosti govorio je o 3.000 do 5.000 pripadnika HV-a u BiH. Na istim dokazima suci su i u predmetima "Kordić i Čerkez" i "Naletilić i Martinović" utvrdili da je Hrvatska svojim snagama bila izravno umiješana u rat i BiH. Teze o umiješanosti vodstva RH i Hrvatske vojske u rat u BiH potvrđene su i presudom protiv Ivice Rajića 8. svibnja 2006. godine.
