Hrvatska u tužbi za genocid protiv Srbije tvrdi da su JNA i iz nje nastala vojska SR Jugoslavije imale ključnu ulogu u genocidu nad Hrvatima u ratu od 1991. do 1995. Pripadnici vojske su sami ili zajedno sa srbijanskim paravojnim postrojbama počinili genocid nad hrvatskim stanovništvom koje je osmislilo srbijansko vodstvo na čelu sa Slobodanom Miloševićem, tvrdi Hrvatska u tužbi iz 1999. "JNA je mogla biti sve, samo ne organ SRJ" u čijem je sastavu bila Srbija, rekao je odvjetnik Novak Lukić na suđenju pred ICJ-em. "JNA i Vojska Jugoslavije nisu ista stvar kao što tvrdi Hrvatska.
JNA nije bio organ Srbije niti je djelovala pod izravnim kontrolom srpskog vodstva", ustvrdio je odvjetnik iz Beograda. Odbacio je teze o srbizaciji JNA iznoseći podatak da je od 235 hrvatskih generala u Hrvatsku vojsku prešlo samo njih sedam ili 3 posto. "Možemo li na temelju toga zaključiti da su drugi ostali kako bi počinili genocid nad vlastitim narodom? Naprotiv, ostali su jer su vjerovali u SFRJ i nisu htjeli postati dio vojske koja je željela otcjepljenje od SFRJ i raspad JNA", rekao je Lukić.
Član srbijanskog pravnog tima Dušan Ignjatović odbacio je i odgovornost Srbije za postupke tzv. krajinske vojske, srpskih paravojnih postrojbi i teritorijalne obrane. "Srbija nije odgovorna za njihove akcije niti se te akcije mogu pripisati Srbiji. Oni nisu bili organi Srbije niti su djelovali pod kontrolom Srbije", kategoričan je Ignjatović. Beogradski odvjetnik je neutemeljenima nazvao hrvatske tvrdnje da je JNA zapovjedala snagama tzv. krajine i srpskim paravojnim postrojbama. "Te jedinice nisu nikada bile integrirane u JNA, iako su povremeno, u konkretnim akcijama, njoj bile suboordinirane", kazao je Ignjatović.
On tvrdi da je JNA htjela "disciplinirati" paravojne postrojbe i one koje se dobrovoljno ne potčine časnicima JNA, ukloniti ih s područja Hrvatske zahvaćenima ratom, poput Vukovara. Zbog toga su časnici JNA i paravojne postrojbe dolazile u sukob, tvrdi on. Prepričao je događaj iz studenoga 1991. kada je jedan pripadnik paravojnih postrojbi u Negoslavcima stavio nož pod vrat časnika JNA jer mu nije dopustio da izvede ratne zarobljenike iz Veleprometa i osveti im se za zločine nad Srbima. "Tako ne izgleda kontrola JNA nad paravojnim postrojbama", rekao je Ignjatović.
Član srpskog pravnog tima William Schabas ustvrdio je da se zločini nad Hrvatima u četiri ratne godine ne mogu okarakterizirati kao genocid, nego kao ratni zločini ili zločini protiv čovječnosti. To potvrđuje praksa Međunarodnog suda za bivšu Jugoslaviju (ITCY) koji nikoga nije optužio niti osudio za genocid u Hrvatskoj, kao što s izuzetkom Srebrenice nije dokazan genocid u BiH, rekao je. "Opsada Sarajeva nadilazi opsadu Vukovara. Sud nije zaključio da je genocid počinjen u Sarajevu. Zašto bi to zaključio za Vukovar?", upitao je britanski profesor međunarodnog prava. Ocijenivši da je suđenje Srbiji za genocid u Hrvatskoj "de ja vu" slučaja za BiH, Schabas je istaknuo kako je teško zamisliti da sud donese odluku drugačiju od BiH. "Hrvatska tužba je neutemeljena i uvijek je bila....To je sve jasnije, jasnije i jasnije", rekao je Schabas.
Ustvrdio je da Hrvatska ničim nije dokazala genocidnu namjeru srpskog vodstva, ponajmanje izjavama vođe srpskih radikala Vojislava Šešelja o osnivanju velike Srbije koje su dane "u kontekstu kaotičnog raspada države". "Sukob u Hrvatskoj karakterističan je za etničke sukobe kakvi se događaju diljem svijeta. Potrebna je velika mašta da se ti sukobi podvedu pod genocid", smatra on. Za razliku od izjava srbijanskih radikala, izjava bivšeg hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana na Brijunima o "nestanku Srba" dokazuje plan hrvatskog vodstva za genocid nad Srbima u akciji Oluja koja je uslijedila. "Uzročno posljedična veza Tuđmanove izjave i genocida nad Srbima ne može se osporiti", tvrdi profesor.
