Određene dvojbe i pitanja javljaju se i u vezi godišnjeg odmora u slučaju prestanka radnog odnosa. Radni odnos, u skladu s člankom 112. Zakona o radu, može prestati i sklapanjem sporazuma između poslodavca i radnika.
U tom slučaju radi se o sklapanju ugovora, suglasnom izjavom volje koju radnik i poslodavac potvrđuju svojim potpisom. Dakle, ovdje se ne radi o prestanku ugovora o radu otkazom, što znači da se ne uzimaju u obzir odnosno ne moraju se poštovati odredbe vezane uz otkaz ugovora o radu koje su propisane Zakonom o radu. Prvenstveno se to odnosi na odredbe o otkaznom roku i otpremnini, u vezi kojih su neki mišljenja da se one moraju poštovati i u slučaju sporazumnog prestanka ugovora o radu.
Sporazumom o prestanku ugovora o radu, koji se sklapa u pisanom obliku, definiraju se pitanja kao što su: kome i kada prestaje radni odnos, međusobna prava i obveze radnika i poslodavca i slično. Jedno od pitanja koje se uređuje sporazumom je i pitanje preostalog godišnjeg odmora.
Treba napomenuti da radnik ima pravo na godišnji odmor u svakom slučaju prestanka ugovora o radu, odnosno ako ne iskoristi pripadajući godišnji odmor do prestanka radnog odnosa, ima pravo na naknadu za neiskorišteni godišnji odmor. Stoga, radnik to pravo ima i kada ugovor o radu prestaje sporazumom radnika i poslodavca.
Sporazumom radnik i poslodavac mogu dogovoriti način korištenja godišnjeg odmora tj. kada će radnik koristiti godišnji odmor i hoće li ga koristiti ili će mu poslodavac isplatiti naknadu za neiskorišteni godišnji odmor. No, ugovorne strane ne mogu ugovoriti da radnik nema pravo na godišnji odmor ili na naknadu za neiskorišteni godišnji odmor, jer se radnik ne može odreći godišnjeg odmora pa niti u sporazumu o prestanku ugovora o radu.
Radnik bi se samo mogao odreći naknade za neiskorišteni godišnji odmor, ali tek po dospijeću, dakle, nipošto ne u samom sporazumu o prestanku ugovora o radu.