Sukladno odredbi članka 6. stavak 5. Zakona o porezu na dodanu vrijednost i članka 5. Pravilnika o porezu na dodanu vrijednost, županije, gradovi i općine kad obavljaju gospodarsku djelatnost iskorištavanja materijalne ili nematerijalne imovine (najam, zakup i sl.), osim ako te djelatnosti ne obavljaju u zanemarivom iznosu, i koje su u 2013. godini ostvarile od oporezivih isporuka u okviru svoje gospodarske djelatnosti više od 230.000,00 kuna, od 1. siječnja 2014. postale su obveznici poreza na dodanu vrijednost. Te osobe javnog prava trebale su se upisati u registar obveznika PDV-a.
Kod zakupnih odnosa, reguliranih Zakonom o zakupu i kupoprodaji poslovnoga prostora, zakupnik koji započinje zakupni odnos često obavi određene radove u prostoru, odnosno učini određena ulaganja u njega kako bi poslovni prostor prilagodio svom poslovanju. Često se radi o potpunom preuređenju prostora u kojem se mijenjaju instalacijske cijevi, pločice, parketi, prozori, vrata i slično. Budući da su to ulaganja koja nakon zakupnog odnosa zakupnik po prirodi stvari ne može, u skladu sa člankom 21. Zakona odnijeti iz poslovnog prostora, zakupodavci u pravilu, svjesni činjenice da će vrijednost tih ulaganja nakon prestanka zakupnog odnosa ostati i dalje u poslovnom prostoru (znači povećala su mu vrijednost), zakupnicima priznaju iznos učinjenih ulaganja u iznos zakupnine. Stoga zakupnici jedno vrijeme (dok se ne „iscrpi“ iznos ulaganja), ne plaćaju zakupninu.
Oko ovog se postavilo pitanje kad se radi o jedinici lokalne i područne (regionalne) samouprave kao zakupodavcu, a sve s obzirom na uvodne navode o ulasku u sustav PDV-a.
Naime, čest je slučaj da su temeljem odluka o zakupu poslovnog prostora neke JLS, iz prijašnjih godina, zakupnicima priznata ulaganja u poslovne prostore i to putem prijeboja s mjesečnom zakupninom do konačne isplate. U trenutku obračuna visine priznatih ulaganja, u obzir su uzeti samo određeni radovi i to bez PDV-a, pa se postavlja pitanje obračunava li se PDV na zakup u tim slučajevima? Ako je zakupnina umanjena za 50%, obračunava li se PDV na ukupan iznos zakupnine ili na umanjeni iznos nakon odbitka oslobađanja? Na koji će se način ubuduće vršiti prijeboj ulaganja s ugovorenom zakupninom koja će biti uvećana za PDV?
Člankom 15. Pravilnika o porezu na dodanu vrijednost propisano je da se, ako pri isporuci naknada nije novčana, već se sastoji u isporuci drugog dobra ili obavljenoj usluzi, radi o razmjeni. Pri razmjeni, isporuka podliježe oporezivanju na obje strane, kod svakog isporučitelja.
Prema tome, ako bi zakupnik ulagao u poslovni prostor u visini mjesečne zakupnine, tada se obavljena usluga ulaganja smatra naknadom za uslugu davanja poslovnog prostora u zakup. Kako kod razmjene dobara isporuka podliježe oporezivanju na obje strane, porezni obveznik zakupodavac - jedinica lokalne i područne (regionalne) samouprave upisana u registar obveznika PDV-a obvezna je, na uslugu davanja u zakup poslovnog prostora, obračunati PDV. Ako je zakupnik obveznik PDV-a, obvezan je na obavljenu uslugu ulaganja u poslovni prostor obračunati PDV.