Na nacrtima prijedloga zakona radilo se od početka godine, a izradila ih je radna skupina od predstavnika sveučilišta, instituta, studenata i stručnih služba ministarstva. Po riječima državne tajnice Ivane Mrkonjić, glavne su smjernice na osnovi kojih su izrađeni nacrti novih zakona okrupnjavanje znanstvenih potencijala, strateško usmjeravanje istraživanja prema gospodarstvu, zaštita intelektualnog vlasništva proizvedenog u sustavu javno financiranih znanstvenih istraživanja, učinkovitije upravljanje proračunskim novcem koji se ulaže u znanost i visoko obrazovanje te poboljšanje modela upravljanja sveučilištima.
Također se, kako dodaje, želi povećati kompetitivnost između pojedinaca i znanstvenih i visokoobrazovnih ustanova na nacionalnoj i međunarodnoj razini u skladu sa svjetskim standardima te standardima Europske unije. Kako bi se spriječilo potpuno nekontrolirano i neopravdano "divljanje" cijena školarina (osobito na poslijediplomskim studijima), koje se na hrvatskim visokim učilištima sada kreću od 3500 do 52.000 kuna, ukidaju se školarine u cijelosti na svim razinama studija - preddiplomskoj, diplomskoj i poslijediplomskoj.
Novim se zakonom predviđa da visoka učilišta jedino mogu tražiti plaćanje upisnine, koja je zakonski ograničena na 60 posto prosječne mjesečne plaće za prijediplomski studij i jednu prosječnu mjesečnu plaću u Hrvatskoj za poslijediplomski studij. Studentima koji uspješno obavljaju obveze u punoj nastavnoj satnici (redoviti studenti) pokrivat će se troškovi upisnina prema srednjoeuropskoj praksi i samoj biti i misiji javnih sveučilišta. Po sadašnjim podatcima Državnog zavoda za statistiku o plaćama, najviša bi upisnina iznosila 3200 kuna, čime bi maksimalni troškovi visokog obrazovanja u Hrvatskoj za studente - ne samo za one kojima država pokriva troškove studija - bili znatno manji od prosječnih troškova školarine i upisnine u većini država Europske unije.
U skladu sa smjernicama Glavne uprave za obrazovanje i kulturu Europske komisije, a radi omogućavanja usporedivosti ocjena studenata hrvatskih visokih učilišta s ocjenama studenata u europskim zemljama, umjesto dosadašnjeg načina ocjenjivanja od 1 do 5, uvodi se sustav ocjenjivanja sa sedam ocjena, od A do FX. Zakonom se uvodi sveučilišno vijeće kao novo najviše upravljačko tijelo sveučilišta, sastavljeno od devet članova, od kojih četiri člana imenuje država kao osnivač javnih sveučilišta, u skladu sa srednjoeuropskom akademskom tradicijom i praksom. Time država izravno preuzima dio odgovornosti za upravljanje javnim sveučilištima, što dosad nije imala. Po nacrtima prijedloga zakona o znanosti i visokom obrazovanju temeljno financiranje obavlja se putem programskih ugovora između države i ustanova.
Financiranje sveučilišta i nacionalnih instituta uređuje se programskim ugovorima kojima se, kroz pregovore sveučilišta i države, utvrđuju strateške odrednice rada tih ustanova za višegodišnje razdoblje, kao iznos njihova financiranja. Za sveučilišta, one obuhvaćaju i plan studijskih programa i upisne kvote usklađene s prostornim mogućnostima sveučilišta te potrebama tržišta rada. Za institute, pak, takvo višegodišnje strateško planiranje njihova rada trebalo bi pridonijeti jačem usmjeravanju istraživanja prema javnim i gospodarskim potrebama. Nacionalno vijeće za visoko obrazovanje i znanost ujedinjuje dosadašnja dva zasebna tijela, Nacionalno vijeće za znanost i Nacionalno vijeće za visoko obrazovanje. To je novo najviše strateško tijelo sustava znanosti i visokog obrazovanja. Najvažnija njegova zadaća jest predlaganje strategije razvoja znanosti i tehnologije u Hrvatskoj na pet godina, koju upućuje na prihvaćanje Hrvatskome saboru. Nacionalnim vijećem predsjedao bi predsjednik vlade, a članovi bi po položaju bili ministri znanosti i financija te predsjednik i potpredsjednik saborskog Odbora za znanost i predsjednik HGK.
Po nacrtu prijedloga Zakona o znanosti, znanstveno-istraživački instituti razvrstavaju se na nacionalne i državne. U sljedećih pet godina mijenjat će se udio javnog financiranja instituta. Nacionalni instituti iz javnih sredstava sufinancirat će se do 80 posto ukupnog proračuna, a državnima će javno sufinanciranje iznositi do 60 posto. Instituti koji ne budu mogli poslovati u sklopu predviđenoga proračunskog novca pripojit će se ili srodnim uspješnijim državnim institutima ili sveučilištu. Razvrstavanje instituta na nacionalne i državne bit će provedeno na temelju rezultata započetog postupka evaluacije koju provodi Agencija za znanost i visoko obrazovanje. Novim se zakonom želi povećati učinkovitost sustava osposobljavanja i usavršavanja mladih znanstvenika te uspostaviti jasnija struktura odgovornosti ustanova i mentora za uspješnost znanstvenih novaka.
Radna mjesta znanstvenih novaka i suradnika postdoktoranada po novom bi se zakonu vezivali uz znanstvene ustanove, a ne uz znanstvene projekte, kao što je dosad bio slučaj. Akademska nastavna dopusnica, koju izdaje rektor sveučilišta, ovlast je akademskom nastavniku za samostalno izvođenje svih oblika nastave i rada sa studentima na sveučilištu. Obnavlja se svakih pet godina na temelju izvješća o radu koje se podnosi senatu sveučilišta. Svrha je dopusnice osigurati učinkovit mehanizam za upravljanje kvalitetom sveučilišne nastave kad je riječ o sveučilišnom čelništvu. U skladu s europskom obrazovnom tradicijom, u sustav poslijediplomskog obrazovanja vraćaju se i magistarski studiji, koji su starim zakonom bili ukinuti. Izjednačavaju se obrazovne razine svih preddiplomskih studija. Dosadašnja provedba "bolonje" glede nastavka studija iznad preddiplomske razine neravnopravno je tretirala studente veleučilišta i visokih škola u odnosu prema studentima sveučilišta.
Novim zakonom preddiplomski studiji na veleučilištima i visokim školama u cijelosti se ujednačavaju s onima na sveučilištima i po kvaliteti, po obrazovnim rezultatima i po stečenim kvalifikacijama. Temeljna razlika između visokih škola, veleučilišta i sveučilišta po novom bi se zakonu očitovala isključivo u tome što bi visoke škole izvodile samo preddiplomske studije, veleučilišta preddiplomske te stručne diplomske studije, a sveučilišta preddiplomske, sveučilišne diplomske i poslijediplomske studije. Predviđeno je da javna rasprava o trima nacrtima prijedloga zakona traje do 1. studenoga 2010.
