Vrhovni sud presudu je ukinuo zbog bitnih povreda Zakona o kaznenom postupku i slučaj vratio na novo suđenje zagrebačkom Županijskom sudu koji je donio prvostupanjsku presudu. Presuda je po riječima odvjetnika, među ostalim, ukinuta zbog povrede prava na obranu. Okrivljenicima koji su obranu iznijeli na početku suđenja, primjerice, nije omogućeno da se nakon dokaznog postupka ponovno očituju o utvrđenim činjenicama, a sud je odbio i većinu dokaznih prijedloga obrane.
"Osim toga, u obrazloženju presude, doslovno su prepisani dijelovi optužnice pa je ispalo da su okrivljenici suđeni kako su i tuženi", izjavila je Hini Jadranka Sloković odvjetnica Deše Mlikotin Tomić. Dodala je i da je zadovoljna što je Vrhovni sud zatražio novo suđenje, čime je obrana dobila novu šansu da ospori optužnicu. "U cijeloj karijeri nikada nisam vidjela predmet s manje dokaza", kazala je Sloković ističući da njenoj branjenici nije dokazana krivnja iako je služila kao "zaštitno lice cijelog postupka".
Prvostupanjskom presudom suca zagrebačkog Županijskog suda Zorana Luburića optuženi u slučaju Indeks 3 proglašeni su krivima za zloporabu položaja i ovlasti, primanje i davanje mita te protuzakonito posredovanje. Tom je presudom dvoje optuženika oslobođeno, profesorica Nina Liszt te student Danijel Malarić, no i njima će se suđenje morati ponoviti. Od 19 nepravomoćno osuđenih, petero je dobilo bezuvjetne zatvorske kazne, a ostalih 14 uvjetne od šest mjeseci do godine i osam mjeseci, uz rok kušnje od jedne do četiri godine.
Profesorica trgovačkog prava Deša Mlikotin-Tomić osuđena je zbog zloporabe položaj i ovlasti te primanja mita na bezuvjetnu zatvorsku kaznu od godine i dva mjeseca, a uz to joj je dosuđena trogodišnja zabrana predavanja na sveučilištu. Uz nju, od profesora su na bezuvjetnu kaznu još osuđeni Jadranko Grgona i Tihomir Vranešević. Grgona je dobio godinu i deset mjeseci zatvora te petogodišnju zabranu predavanja na fakultetu, dok je Vranešević osuđen na osam mjeseci zatvora i dvije godine zabrane rada.
Glavni posrednik, prvooptuženi Milan Ćevid, kojemu su studenti za prolazak na ispitu po tvrdnjama iz optužnice plaćali od nekoliko stotina do dvije tisuće eura, osuđen je na dvije i pol godine zatvora, unatoč priznanju krivnje i prijedlogu USKOK-a da ga se, zajedno s još troje optuženika koji su priznali, osudi na uvjetnu zatvorsku kaznu.
Ćevidu je presudom trebalo biti oduzeto i 3400 eura navodno nezakonito pribavljenih primanjem mita. Voditeljica studentske referade Julijana Ljubić kažnjena je s godinom i šest mjeseci zatvora. Odbacivši sve optužbe, Deša Mlikotin-Tomić je u svojoj obrani tvrdila da je kolateralna žrtva posrednika koji su se lažno koristili njenim imenom i kod studenata stvarali privid da bez znanja mogu polagati ispite.
Ustvrdila je da je bila žrtva medijskog progona te da se u javnosti stvarala percepcija da je kriva i za stvari koje se uopće ne spominju u optužnici.
