I to, kako se ističe u obrazloženju, u skladu s ustavnim načelom zaštite prava na naknadu tržišne vrijednosti, ako se u interesu Republike Hrvatske ograničava ili oduzima vlasništvo. Osnovno pitanje koje se uređuje Zakonom je ispunjavanje obveze iz odgovora RH na Pismo službene obavijesti Europske komisije u pogledu usklađivanja s relevantnim zakonodavstvom EU vezano uz pitanja uvjeta provedbe zahvata u prostoru, odnosno provedbe odgovarajuće procjene utjecaja na okoliš i ocjene prihvatljivosti za ekološku mrežu prilikom vađenja šljunka i pijeska iz obnovljivih ležišta u vodotocima i drugim tijelima površinskih voda.
Donošenjem Zakona trebala bi se osigurati usklađenost s direktivama EU te otkloniti moguće posljedice zbog pokretanja sudskog postupka podnošenjem tužbe Europske komisije protiv RH Sudu EU zbog povrede prava EU, sukladno Ugovoru o funkcioniranju EU. Nadalje, organizacijski oblik instituta za vode će se na odgovarajući način prilagoditi njegovom mješovitom predmetu poslovanja kao javne ustanove i u skladu sa Zakonom o ustanovama te će se zakonom proširiti krug općih akata koji se donose uz suglasnost Ministarstva, koje u ime RH ostvaruje osnivačka prava u institutu za vode.
